1945년 조선소아과학회(朝鮮小兒科學會)로 창립되었는데, 1945년 9월 15일 발기인 모임 후, 같은 해 10월 6일 창립 총회를 개최하여 초대 회장에 이선근, 부회장에 구영숙 선생님을 선출하였다. 1956년에 대한소아과학회로 명칭이 변경되었으며, 창립 74주년을 맞이한 2019년에 대한소아청소년과학회라는 새로운 이름으로 다시 태어났다. 학회의 영문 명칭은 1955년 The Korean Pediatric Society, 1966년 The Korean Pediatric Association 이었다가 1992년 다시 The Korean Pediatric Society로 변경되었다.
대한소아청소년과학회는 1955년 12개의 지회를 갖는 전국적인 규모로 확대된 후에 1958년에는 아시아소아과학회, 1965년에는 국제소아과학회에 가입하였고, 그 이듬해부터 한일소아과학회 교류를 시작하면서 국제적인 교류를 확대하였다. 1982년에는 국내 최초로 제 4차 아시아소아과학회를 서울에서 유치하였고, 2011년 일본 대지진 및 쓰나미로 피해를 입은 일본에 일본소아과학회를 통해 100만엔을 기부하였으며, 2012년 제8차 아시아 소아과학연구학회 (ASPR 2012)를 국내에서 개최하는 등 국제적인 교류를 활발히 해오고 있다.
1966년 소아 예방접종표를 최초로 제정하여 1970년 개정하면서 유아수첩을 최초로 발간하였고, 1979년 예방접종 지침서를 처음으로 발간하여 2018년 9판까지 출간하여 한국 소아보건 및 감염 예방에 크게 기여하였다. 1974년 신생아 파상풍 없애기 운동 (대한의학협회 공로 표창장 수상), 2006년 홍역퇴치 선언 및 홍역 퇴치 공로로 대통령상 수상, 2007년 6세 미만 영유아 건강 검진 시작, 2009년 정부의 필수 예방접종 비용의 국가지원사업 참여하는 등 정부의 대규모 보건 정책 사업에서 적극적으로 활동해오고 있다. 2017년에는 학회의 비전 및 미션을 발표하였고, 2018년 11월에는 새 이사진 출범과 함께 사회기여사업의 확대를 위해 특별 위원회(환경보건위원회, 미래발전 특별위원회, 발달위원회, 대외협력 TFT, 남북 어린이 보건의료 전담위원회 등)를 구성하고, 2019년 ‘환경과 소아청소년 건강’을 주제로 심포지엄을 개최하고, ‘유해환경으로부터 소아청소년 건강을 지키기 위한 선언문’을 발표하는 환경보건 선포식을 시행하였다.
1967년 한국소아의 발육 표준치 단행본을 처음 발간한 후, 2017년 최근까지 보건복지부와 함께 10년마다 소아청소년 성장도표를 제정해오고 있고, 1976년 ‘아기를 위한 음식물’ 이유식 책자를 발간하였고, 1992년 ‘한국형 영유아발달 검사’와 ‘한국 소아의 정상 검사치’ 를 발간하여 국가보건통계를 확립하는데 크기 기여하였다. 또한 2002년-2004년 분야 별로 ‘임상 소아과학’ 9권, 2007년 ‘영유아 건강검진 의사 지침서’ , 2011년 ‘임상의를 위한 청소년영양 길라잡이’, 2016년과 2018년 ‘임상소아과’ 발간 등, 기타 다양한 간행물을 출판하여 꾸준히 소아청소년 진료 향상에 기여해 왔다.